Der Bestand an gotischen Skulpturen ist relativ gering, doch umfasst er durchwegs Stücke von sehr hoher Qualität.
An der Spitze steht die „Große Klosterneuburger Madonna“ Inv. Nr. PL 1, die wahrscheinlich aus der Kirche des 1568 aufgelösten Chorfrauenklosters stammt. Sie zählt zu den besten Werken der österreichischen Skulptur vom Beginn des 14. Jahrhunderts. Alle Stufen der Gotik sind in Klosterneuburg durch hervorragende Werke vertreten: Die monumentale Madonna vom Südturm der Stiftskirche Inv. Nr. PL 5 vertritt beispielhaft den Internationalen Stil der Zeit um 1400. Bei den ausdrucksstarken Skulpturen, die um 1500 vom Stift für die Ausstattung der Kirche in Auftrag gegeben wurden, kündigt sich bereits die Renaissance an.
Künstler:in: Werkstatt des Meisters des Kefermarkter Altars
Material und Technik: Holz gefasst, Höhe 87 cm
Entstehungsjahr: um 1500
Inventarnummer: PL 14
Künstler:in: Werkstatt des Meisters des Kefermarkter Altars
Material und Technik: Holz gefasst, Höhe 120 cm
Entstehungsjahr: um 1500
Inventarnummer: PL 14
Künstler:in: Niederösterreichischer Meister
Material und Technik: Holz gefasst, Höhe 91 cm
Entstehungsjahr: 1450 / 1500
Inventarnummer: PL 20
Künstler:in: Meister des Heiligen Grabes
Material und Technik: Holz gefasst, Durchm. 28 cm
Entstehungsjahr: um 1500
Inventarnummer: PL 325
Künstler:in: Niederösterreichischer Meister
Material und Technik: Holz, Höhe 85 cm
Entstehungsjahr: um 1400
Inventarnummer: PL 18
Künstler:in: Meister des Heiligen Grabes (Hauptmeister der Kefermarkter Altars?)
Material und Technik: Holz gefasst, Höhe 147 cm
Entstehungsjahr: um 1496
Inventarnummer: PL 15
Künstler:in: Wiener Meister
Material und Technik: Holz gefasst, Höhe 154 cm
Entstehungsjahr: um 1470
Inventarnummer: PL 16
Künstler:in: Meister der Donauschule
Material und Technik: Sandstein mit Farbresten, Höhe: 90 cm
Entstehungsjahr: Um 1520/30
Inventarnummer: PL 5
Künstler:in: Hans Keb (?)
Material und Technik: Sandstein, Höhe 272 cm
Entstehungsjahr: 1491
Inventarnummer: PL 2
Künstler:in: Werkstatt des Vesperbildes der Thomaskirche Brünn
Material und Technik: Kalkstein, farbig gefasst, 99 x 77 x38 cm
Entstehungsjahr: Um 1390
Inventarnummer: PL 137
Künstler:in: Nachfolge des Meisters von Großlobming
Material und Technik: Kalksandstein, 97 x 25 cm
Entstehungsjahr: Um 1390
Inventarnummer: PL 8
Künstler:in: Nachfolge des Meisters von Großlobming
Material und Technik: Kalksandstein, 94 x 26 cm
Entstehungsjahr: Um 1390
Inventarnummer: PL 9